建設工程施工合同糾紛中，發包人常會要求從應支付給承包人的工程款中抵扣部分費用，對此認定北京高院及河北高院存在相關規定：北京市高級人民法院《關于審理建設工程施工合同糾紛案件若干疑難問題的解答》第21條規定：承包人依據建設工程施工合同要求發包人支付工程款，發包人主張將其已向合法分包人、實際施工人支付的工程款予以抵扣的，不予支持，但當事人另有約定、生效判決、仲裁裁決予以確認或發包人有證據證明其有正當理由向合法分包人、實際施工人支付的除外。河北省高級人民法院《建設工程施工合同案件審理指南》第32條規定：承包人請求發包人支付工程款，發包人以向實際施工人支付工程款抗辯的，應當舉證證明支付工程款數額及支付理由，對付款有特殊約定、承包人予以授權、生效裁決予以確定，或者有其他正當理由，人民法院應當予以支持。

由上述規定可推知，建設工程施工合同糾紛中，發包人與承包人之間工程款的結算和支付應當嚴格遵循合同相對性原則，相關事項應當在合同相對人之間進行。除法律存在明確規定之外，不得任意突破合同相對性認定發包人向第三方付款的行為，否則將會造成工程款結算和支付的混亂而引發相關爭議。發包人向承包人之外即與其無合同關系的第三方支付相應款項，若具有承包人有效授權則可認定抵扣。除此之外，政府部門指令、生效判決、仲裁裁決等亦系正當支付理由。否則，發包人突破合同相對性的擅自付款行為，不得認定為對承包人工程款的有效支付，對承包人不產生法律效力，亦不得在已付款中予以抵扣。

實務中存在如下裁判觀點：

1.建設工程施工合同中明確約定了付款方式，發包人突破合同相對性，直接向第三方付款，不構成對承包人工程款的有效支付，不予支持抵扣

（2019）最高法民申6732號案件中，最高院認為：如容許發包人隨意突破合同相對性，直接向實際施工人付款，則可能會損害承包人的權益。故在缺乏正當理由情況下，發包人不能未經承包人同意，違反合同約定直接向實際施工人支付工程款。故在天瑞公司與鵬騰公司在施工協議中明確約定了支付工程款的開戶銀行及賬號情況下，二審判決認定天瑞公司應當按約定方式支付工程款并無不當。此外，除案涉項目外，項瑞戧還為天瑞公司施工附屬工程，天瑞公司亦負有向項瑞戧支付附屬工程款的義務。因此，二審判決認為天瑞公司未經鵬騰公司同意直接向項瑞戧或其指定第三人的付款不屬于對本案工程款的有效支付，并無不當。

2.發包方在未簽訂委托付款協議情形下直接代付的款項不能直接抵扣工程款

（2021）最高法民終371號案件中，最高院認為：《結算等問題解決辦法》第一部分第8項約定：“寧遠公司代湘城公司支付的湘城公司所用鑫富源公司商砼尾款，由雙方現場與鑫富源公司核對欠款金額，并簽訂三方委托付款協議由寧遠公司支付，從湘城公司的結算金額中扣除同等的金額，不予復計。”訴訟中，寧遠公司提供鑫富源公司供貨明細、收款明細及情況說明一份，證明其已代湘城公司支付鑫富源公司商砼款1728261元的事實，但該供貨明細、收款明細均系鑫富源公司單方出具，并無湘城公司簽字確認，湘城公司對真實性不認可。因寧遠公司與湘城公司在《結算等問題解決辦法》中已明確約定，其雙方與鑫富源公司共同核對商砼欠款金額，然后簽訂協議由寧遠公司代為支付，但寧遠公司在未經核對的情況下，自行向鑫富源公司支付款項，并以此主張在其應付工程款中予以抵扣，違反雙方約定，一審法院未予支持并無不妥。就該部分款項，雙方可在核對后另行處理。

3.發包人向第三方支付的材料款主張抵扣已付款在無相關證據印證的情況下應就該款項另案主張權利

（2020）最高法民終370號案件中，最高院認為：代付鋼材款250萬元。中南公司主張代三建公司向案外人群星公司支付的鋼材款250萬元應計入已向三建公司支付的工程款。本院認為，中南公司針對該主張提交的三建公司委托付款函并非原件且無其他證據印證，且該款項涉及三建公司與群星公司鋼材供貨合同結算，不宜在本案中一并處理，故對中南公司該項主張在本案中不予支持，對三建公司關于相關收據中印章真實性的鑒定申請亦不予準許。中南公司就該款項可另案主張權利。

筆者建議：發包人與承包人作為建設工程施工合同相對方，在合同相對性原則的約束之下，若發包人越過承包人直接向第三方支付款項，不應直接認定為系向承包人履行了支付工程款的義務。但在存在承包人認可、政府部門指令、生效判決、仲裁裁決等正當理由的情形下可認定抵扣。